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The STAP case

a phenomenon of the mass media storm of the STAP-cell (stimulus-triggered acquisition of pluri­potency)

ジャクソン研究所は129X1/SvJのミトコンドリアDNAがB6であるかどうかの情報を把握していない

129X1/SvJマウスのミトコンドリアDNAがB6へ入れ替わったという情報は、供給元日本エスエルシーは把握していない の件

遠藤高帆博士が会話されていた129X1SLC♀のミトコンドリアDNA(mtDNA)のミトコンドリアイヴがB6の件ですが、論文を検索してもわからなかったのでジャクソン研究所へ問い合わせしてみました。

129X1のmtDNAがB6へ汚染されている(129B6のmtDNAは本来は母親由来の129のはず)という情報はジャクソン研究所では把握されていないようです。それらが核移植ES細胞であった可能性を否定する材料は手に入れられませんでした。

I am interpreting your question as asking if the 129X1/SvJ inbred strain has mitochondrial DNA from the C57BL/6J or the BALB/cByJ. The paper that you linked to discussed the panels of nuclear DNA so we are not testing mtDNA. That having been said the cladogram in figure 3 does show that the 129X1/SvJ and the C57BL/6J although distantly related have a more recent common ancestor than the BALB/cByJ. I do not know what effect the inbreeding of these mice might have had on the mtDNA. I hope this helps answer your question. 06/21/2016 JST 08:46 (Case: 00555271 )

文中の問い合わせの際に参照した論文: http://genome.cshlp.org/content/14/9/1806.full

 

STAP細胞の大元になったFES1:129B6GFP1 FES♂(129X1SLC♀/B6N SLC♂(Acr/CAG (ヘテロ)))と同時期に作成された、若山博士の別の論文で使用された核移植ES細胞ntESG1:129B6F1G1(B6N SLC♀/ 129+Ter CLEA♂)ですが、お名前の表記は129B6タイプなのに解析するとB6129だったそうです。ntESG1が使用された論文の表記は129B6だったけれど本質的な結果は変わりがないので問題ないとのことでした。

 

理科の実験はよくわからないのですが、若山博士が手渡したマウスと小保方さんから返却されてきたSTAP細胞の遺伝子タイプが違うから大きな騒動となったのになぜこれは問題視されないのかよくわかりませんでした。あの大騒ぎでは小保方さんが悪いことをしたはずだと盛り上がったのですが、こういう結果を見ると、若山博士側が手渡すマウスの遺伝子のタイプを間違えた可能性は十分あり得るんだな、というのはわかりました。


2016年9月21日追記:

今回の記事で確認したのは遠藤高帆氏の仮説です。129X1マウスがSTAP細胞実験で使用されているのですが、今回ジャクソン研究所へお問い合わせさせていただいたのは20年以上前にジャクソン研究所で発生した129X1マウスの汚染事故についてであり、核内のDNAのところどころに129以外の遺伝子が残っていると複数の論文HPジャクソン研究所HPにて報告されているのですが、遠藤高帆博士はさらにミトコンドリアDNAも129ではなくB6に汚染されていて、それゆえにB6129と129B6は区別がつかないと主張されていました。しかしジャクソン研究所はこのような事実に関する情報は把握していらっしゃいませんでした。

ミトコンドリアDNAがもし違う種類のDNAに汚染されていれば実験結果へ強く影響を与えると推測できるので、既に報告されていてもおかしくない重要な事項であり、もし未報告でかつ129X1のmtDNAのB6による汚染が事実なら、解析にあたられた研究者は至急ジャクソン研究所他へ報告されるべきであると思います。ミトコンドリアDNAは変異が少なくSNPでは差が出にくいそうですが、全ゲノムを解析して129X1とB6の差分をとれば判明可能だと思われます。

もし129X1のmtDNAのB6による汚染が遠藤高帆博士の推定とは違い存在しないのであれば、129B6とB6129のmtDNAの区別がつかなかった理由はB6のmtDNAを持つ129B6タイプのSTAP幹細胞やES細胞達は人為的に生み出された細胞であるからだという結果になるのかもしれません。

129X1/SvJマウスのミトコンドリアDNAがB6へ入れ替わったという情報は、供給元日本エスエルシーは把握していない

 

STAP細胞の素になったと言われているFES(大田ES細胞(129B6))ですが、理化学研究所の遠藤高帆博士によると129X1のミトコンドリアDNAがB6タイプへ交雑の際になってしまったため、♀129♂B6でもミトコンドリアDNAはB6となり矛盾が検出されなかったのだろうという呟きをされていました。

ミトコンドリアDNAは♀のものが遺伝しますので、129B6マウスのミトコンドリアは通常は129のものになるそうです。しかし、大田ES細胞を作る際に使用された129X1/SvJというマウスのミトコンドリアDNAは交雑時にB6にかわっていたのだろうということでした。

供給元の日本エスエルシー株式会社へメールで問い合わせしたところ、

129X1/SvJマウスが交雑によりできた系統である件は弊社でも承知しておりますが、具体的にどちらの系統が雌雄どちらかであったかの情報や実際にDNAを調査した情報は持ち合わせておりませんでした。2015年11月4日18時28分14秒電子メール @jslc.co.jp

とのことで、129X1/SvJマウスのミトコンドリアDNAのタイプがB6に入れ替わって流通しているという情報は得られませんでした。

もし流通中129X1/SvJマウスのミトコンドリアDNAのタイプがB6に入れ替わっているのなら、大変な問題です。

もし大昔に129X1/SvJマウスのミトコンドリアDNAが入れ替わったわけではないなら、人為的な核移植がされた細胞の可能性もまたあるだろうということだと思われます。

大田ES細胞が理研や東大、山梨大へ移動した記録は無かった-STAP細胞事件

STAP細胞事件の大田ES細胞理化学研究所へ移動した記録は無かった

前回京都大学へ問い合わせした際に、細胞名を理研調査委の正式名称で問い合わせしたのですが、それがなんのことだかわからない事務員の方が探しきれなかったのではというご意見をいただき俗称である「大田ES細胞」として再度問い合わせしてみました。

大田ES細胞理研や山梨大、東大、東北大へ移動した記録は法人文書として保存されていませんでした。

STAP細胞事件の大田ES細胞が理化学研究所へ移動した記録は無かった

STAP細胞=トリソミー論文への理研・調査委等の見解は存在しない

理研には幹細胞になる前のSTAP細胞にもトリソミー8があった論文の評価はありませんでした

STAP細胞は産まれないはず?論文

お母さんネズミのお腹の中の子供のマウスの体細胞から造られたはずのSTAP細胞には、「トリソミー8」という出生できない染色体異常の印が残っており、その正体は実はES細胞であろうという理化学研究所の研究員の論文が2014年9月にでました。

Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency,Takaho A. Endo Article first published online: 21 SEP 2014,DOI: 10.1111/gtc.12178

幹細胞になる前のSTAP細胞にもトリソミー8があったは、本当?

NHKスペシャル調査報告 STAP細胞 不正の深層(Wikipedia)へも出演された先生の研究なのでその後どのような評価を受けたのかを調べてみました。

理化学研究所にはSTAP細胞はトリソミーでES細胞論文の評価は存在しませんでした

でも、論文に対する評価は存在しませんでした。

遠藤高帆、STAP細胞はトリソミー8、ES細胞論文への理研側の評価は存在しない

テレビでとても盛り上がった話題でしたが、どうやって調べたらいいのでしょうか?

ES細胞FES1・FES2(大田ES細胞)、核移植ES細胞ntESG1・G2の移動記録法人文書は存在しない

いわゆる大田ES細胞の記録を見つけることはできませんでした。

FES1・FES2(大田ES細胞)、核移植ES細胞ntESG1・G2

京都大学法人文書

 

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笹井芳樹さんから毎日新聞の須田桃子記者への電子メールは法人文書として存在しなかった

笹井芳樹さんから毎日新聞の須田桃子記者への電子メールは存在しなかった

理化学研究所へ情報公開を依頼しました。

「2014年笹井芳樹先生から毎日新聞須田桃子さんへ送信した電子メール」

法人文書不開示決定通知書が届きました。開示をお願いしたのは「2014年笹井芳樹先生から毎日新聞須田桃子さんへ送信した電子メール」でした。ベストセラー、「捏造の科学者 STAP細胞事件」(文藝春秋 須田桃子(毎日新聞科学環境部)著 2014年12月30日第1刷発行)にて掲載されている電子メールの内容をもう少し詳しく知りたかったためです。

理化学研究所からのご回答は、「不開示」でした。その理由は、「該当する文書が存在しないため」でした。

2015年4月21日理化学研究所法務部へお電話で確認させていただいたところ、存在しないの意味は、万人に共有する法人文書として存在しないという意味だそうです。電子メールは全てを法人文書として管理しているわけではなく、各記者への送信メールは法人文書として存在しないとのことでした。念のため、私文書としては存在していたのかどうかだけ後日文書で確認しておこうと思います。

笹井芳樹さんから毎日新聞の須田桃子記者への電子メールは存在しなかった・法人文書不開示決定通知書平成270403総第57号国立研究開発法人理化学研究所

The STAP case開設

STAP細胞についてのブログを開設した理由

ワイドショーを観て理化学研究所へ質問してみたのがきっかけで興味を持ち、防備録を残そうと思いました。

フリーザーのES細胞の発見者

2014年春頃、発生・再生科学総合研究センター(CDB)にてES細胞と書いたラベルが貼られた容器が発見されたという報道があり、理研の広報室へ実家からお電話させていただきました。
その際は発見者のお名前や日時もなく、発見された記録もないというお返事でした。
後日、2014年3月18日筆頭著者の研究員の研究室フリーザーを保全する際(2015年3月20日運営・改革モニタリング委員会評価書の参考資料72ページ)に発見されたらしく、
解析の結果この細胞はCDBから京都大学へ移籍された研究員が作製されたES細胞であると発表されました(2014年12月25日研究論文に関する調査報告書)。

少し調べてみようと思いました。